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                    細胞STR分型檢測報告怎么看?

                      案例分析     |      2022-05-18 17:36:00

                    細胞STR分型檢測流程

                    首先了解下STR檢測流程,先提取細胞DNA, 然后進行PCR擴增及測序,最后進行結果分析。詳細檢測流程請看下圖:

                    ▲圖1 STR檢測流程

                    Dr.Cell 采用的細胞STR鑒定方法完全符合美國國家標準局(NIST)頒布的細胞鑒定標準-ANSI/ATCC ASN-0002-2011, 并且在中國CMA認證與司法鑒定許可的實驗室進行檢測。

                    STR位點基因分型結果

                    完整的細胞STR檢測報告請查閱(STR Report-Sample),報告上會列出受檢細胞系STR基因分型結果附表(圖2),表格中將列出所有實際檢測位點信息。第2列“Sample”為樣本檢測得到的STR位點信息, 該結果是根據實際PCR擴增后檢測到的片段長度得到的數據信息。第3列為ATCC、DSMZ等數據庫中標準細胞STR位點信息。數據庫中常規提供9個位點信息,即 Amelogenin, CSF1PO, D13S317, D16S539, D5S818, D7S820, THO1, TPOX, vWA。

                    ▲圖2 STR基因分型結果

                    STR位點基因分型結果峰圖

                    在報告中會給出受檢細胞系的STR檢測結果峰圖(圖3),該峰圖是實際PCR擴增后檢測到的片段長度和分型信息。位點信息與表1(圖2)相同。

                    ▲圖3 STR基因分型結果峰圖

                    STR: 短串聯重復序列(short tandem repeats,STR)也稱微衛星DNA(microsatellite DNA), 通常是基因組中由1~6個堿基單元組成的一段DNA重復序列,由于核心單位重復數目在個體間呈高度變異性并且數量豐富,構成了STR基因座的遺傳多態性。

                        ▲圖4 STR 短串聯重復序列

                    純合子:Homozygote,指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因相同。即顯示單個峰。

                    雜合子:Heterozygote,指同源染色體在同一基因位點上的兩個等位基因不相同。即顯示2個峰。


                    ▲圖5 STR位點峰圖

                    人源正常組織細胞其STR圖譜,一個基因位點僅出現一個或2個峰(更多信息請查閱短串聯重復序列 (STR, short tandem repeats) )。如發生細胞交叉污染現象,基因位點會出現多等位基因,即一個基因位點出現3或4個峰(圖6)。當然,也不能排除可能為三倍體等多倍體突變現象。


                    ▲圖6 多等位基因峰圖

                    STR位點基因分型結果比對

                    根據鑒定得到的細胞STR位點信息在ATCC、DSMZ等數據庫中進行比對,進入ATCC STR數據庫頁面(https://www.atcc.org/en/STR_Database.aspx )輸入檢測細胞的9個STR位點信息,與ATCC數據庫進行對比。


                    ▲圖7 ATCC 數據庫比對

                    輸入信息后給出比對結果(圖8)

                    ▲圖8 ATCC數據庫比對結果

                    同樣在DMSZ數據庫進行數據比對,得到匹配結果。


                    ▲圖9 DSMZ數據庫比對結果

                    比對結果中"%Match"(ATCC, 圖8)及 "EV" (DSMZ, 圖9)列是受檢細胞的9個STR位點基因分型數據與數據庫中細胞的匹配度。

                    人源細胞STR鑒定結果判定標準:

                    1.根據國際細胞鑒定委員會(ICLAC)制定的細胞STR鑒定標準,細胞系的匹配度≥80% 時,認為它們具有相關性,即衍生于共同的祖先細胞;匹配度在55% 至 80% 之間,需要進一步驗證相關性;小于55%,表明兩者不具有相關性。
                    2.圖譜有效峰為真實的PCR條帶;小峰和非特異性條帶在計算中忽略不計。
                    3.本匹配度計算默認依照ATCC的計算規則,少數情況時依照DSMZ的計算規則,若有個性化需求委托方可提前提出。
                    4.委托方細胞樣本若為干細胞,免疫細胞,原代細胞等細胞,且未提交至公開數據庫,STR數據與數據庫比對無意義。
                    5.STR數據比對默認ATCC,DSMZ,JCRB等細胞庫,也可比對ECACC,COG,CBA,KCLB等數據庫或文獻,需提前注明被檢樣本的比對來源。
                    6.基因座分型只有一個數字,表示該基因座為純合子;基因座有兩個不同數字,表示該基因座為雜合子。

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